Ide o skupinu látok prevažne bielkovinovej povahy, ktoré práve zapadnú do narušených mechanizmov alergika a spúšťajú rad pochodov, ktoré vedú k príznakom. V princípe sa však alergény neodlišujú od mnohých iných látok a zdravý organizmus ich osobitne neodlišuje ani na ne nereaguje. Ktoré látky sa stanú pre konkrétneho pacienta alergénom nie je dopredu určené; závisí to od súhry okolností. Keď však dôjde k vzniku alergickej aktivity na dané látky, organizmus si tieto "pamätá" a pri opakovanom kontakte s nimi väčšinou dochádza k narastaniu ťažkostí. Navyše často dochádza k rozširovaniu spektra alergénov o príbuzné, ale niekedy aj odlišné alergény. Roztáča sa kolotoč alergickej reakcie, používa sa výraz alergický pochod. Cieľom liečby a ďalších opatrení je zastaviť tieto procesy a navodiť znášanlivosť (toleranciu) na dané látky.
Nie každá látka, ktorá poškodzuje organizmus, je alergénom. Existujú mnohé iné chorobné mechanizmy, ktorých riešenie a liečba je odlišná a venujú sa jej iné medicínske odbory. Ich rozlíšenie nie je vždy ani pre liečiteľa jednoduché. Alergénom napríklad nie je slnečné žiarenie. Poškodenie kože slnečným žiarením sa odborne nazýva solárna dermatitída a venuje sa jej odbor dermatológie. Podobne nie sú alergénom chladové či tepelné podnety, aj keď mnohým ľuďom robia značné problémy. Len časť problémov, ktoré spôsobujú potraviny je pravou alergiou, dnes často používaný termín potravinová intolerancia zahŕňa najrôznejšie chorobné mechanizmy. Podobne nežiaduce, vedľajšie účinky liekov môžu mať rad iných príčin. Objasnenie podstaty ťažkostí je však kľúčom k ich riešeniu. Ak liečime protialergickou liečbou ochorenie, ktoré nie je alergické, úspech asi nedosiahneme. Mätúce môže však byť, že mnohé lieky používané v alergológii, majú širšie pôsobenie aj na iné ochorenia (napríklad lieky zo skupiny kortikoidov, antihistaminiká a iné) a ich čiastočný efekt vytvára dojem, že ide o alergiu, ktorú však nevieme poriadne vyšetriť.