Prostaglandíny sú veľmi účinné; napríklad u ľudí niektoré ovplyvňujú krvný tlak už v koncentráciách 0,1 mikrogramu na kilogram telesnej hmotnosti. Štrukturálne rozdiely medzi prostaglandínmi zodpovedajú za ich rozdielne biologické aktivity. Niektoré prostaglandíny pôsobia autokrinným spôsobom, stimulujú reakcie v tom istom tkanive, v ktorom sú syntetizované, a iné pôsobia parakrinným spôsobom, stimulujúc reakcie v lokálnych tkanivách blízko miesta, kde sú syntetizované. Okrem toho môže mať daný prostaglandín rôzne a dokonca opačné účinky v rôznych tkanivách. Schopnosť toho istého prostaglandínu stimulovať reakciu v jednom tkanive a inhibovať rovnakú reakciu v inom tkanive je určená typom receptora, na ktorý sa prostaglandín viaže.